移植手術過程中可能會出現技術失誤，從而導致移植失敗。如果移植手術的技術不當，例如植入的囊胚不放置在正確的位置，或者囊胚的質量不夠好，那么即使囊胚植入體內也不會有效的治療疾病。

移植囊胚的排斥反應也可能導致移植失敗。當異體囊胚被植入體內時，機體會發生抗體制造，抗體會攻擊植入的異體囊胚，從而導致移植失敗。

病人病情的變化也可能導致移植失敗。當病人病情加重時，病人體內的免疫系統會變得更加脆弱，抵抗力也會降低，這樣一來，機體就會更容易排斥異體囊胚，從而導致移植失敗。

藥物治療也可能導致移植的失敗。一些抗炎藥物會抑制機體免疫系統，從而降低病人對異體囊胚的排斥反應，從而導致移植失敗。