北京醫科大學第三醫院網上預約掛號的方式有很多，比如微信公共平臺、手機、網絡。這種預約掛號方式有四個區域，分別是門診樓前東側、眼科中心樓一樓預約掛號服務廳南北側、眼科中心樓十層。對于復查或醫生工作站，社區就醫等預約地點會有所不同。
1. 門診預約掛號領號辦公室11號：除骨科、口腔牙科、耳鼻咽喉科、婦產科、特診外，門診樓前院中東部網上預約掛號處門診掛號；
2. 門診預約掛號領號辦公室2號辦公室2號：眼科中心樓一樓預約掛號服務廳南端4號對話框，骨科、口腔牙科、耳鼻咽喉科、婦產科門診掛號；
3. 門診預約掛號領號處3號：眼科中心樓一樓預約掛號服務廳北端特診掛號處8個:00前取號特診門診掛號；
4. 門診預約掛號領號處4號：眼科中心樓十層特診掛號處，8層特診掛號處:00后取號特診門診掛號；
5. 醫生工作站預約取號：各預約掛號對話框均可辦理；
6. 康復患者復查預約取號：普外樓一樓住院處3號頁面；
7. 社區就醫預約取號：眼科中心樓一樓復查預約核心。
注意在取號時需要一定的有效證件，主要包括患者的有效身份證件，兒童患者還需要提供身份證號碼或出生醫學證明。
同時，還應攜帶北京醫科大學第三醫院醫療卡到門診預約登記領取號碼。醫療卡應填寫身份證號碼、姓名、胎兒性別，必須與預約病人身份證信息一致，否則醫院門診未提供預約門診登記。
