除了受精方式和胚胎進入宮腔的方式與自然妊娠不同外，輔助妊娠成功后的妊娠過程與自然妊娠完全相同。因此，體外受精輔助妊娠成功后，與自然妊娠一樣，也可能發生宮外孕和自然流產，但發生率不會高于自然妊娠。

然而，試管嬰兒出生的嬰兒患疾病和畸形的風險與自然妊娠沒有顯著差異。采用第三代試管嬰兒技術出生的嬰兒甚至比自然懷孕出生的嬰兒更健康。